Folkekirken.dk skal synliggøre folkekirken og dens virke over for den brede kreds af kirkens medlemmer og den danske offentlighed i almindelighed. Hjemmesiden ønsker at tilbyde enkel adgang til informationer og oplysning om kirken og dens grundlag, og at formidle viden om kirkens tro og liv på en engageret og levende måde.
Folkekirken.dk ledes af en bestyrelse på 9 medlemmer. Bestyrelsen sammensættes af repræsentanter for landets biskopper, Den danske Præsteforening, Landsforeningen af Menighedsråd, Folkekirkelige Organisationers Fællesudvalg, Kirkeministeriet og et medlem udpeget af bestyrelsen.
Bestyrelsen fastlægger den overordnede redaktionelle linje. Redaktøren er ansvarshavende og i sin daglige redaktionelle virksomhed uafhængig af bestyrelsen.
Udgifterne til folkekirken.dk afholdes af fællesfondens bevilling til folkekirkens fælles IT-løsninger. Den samlede bevilling var i 2009 på 2.060.000 kr.
Tekster på folkekirken.dk skrives i samarbejde med præster, ansatte og andre med tilknytning til Den Danske Folkekirke. Størstedelen af billederne på hjemmesiden er taget af fotograf Ole Hartman-Schmidt og fotograf Maj-Britt Boa.
Citater fra Bibelen stammer fra den autoriserede danske bibeloversættelse fra 1992. Folkekirken.dk citerer og bringer bibeltekster efter aftale og i samarbejde med Bibelselskabet, som udgiver Bibelen i autoriseret oversættelse og har ophavsrettighederne til den.